实验室操作培训

引物开发

 

引物开发实验原理:

    SSR/STR 是一种优秀的分子遗传标记,已经广泛应用到遗传多样性检测、遗传种质鉴定、遗传连锁图谱构建、基因定位与标记辅助育种等多个领域。但SSR 标记应用的前提是根据物种已知DNA 序列设计特异引物,才能进行PCR 扩增。对于大多数物种而言,目前获得的基因组DNA 及表达的cDNA 序列还非常有限或者根本没有,无法根据序列设计SSR位点引物,从而阻碍了科研的进行。磁珠富集法作为一种极具有效的引物开发技术,其原理是先用生物素标记重复序列特异探针并与基因组 DNA 酶切片段杂交,再利用生物素与链亲和素亲和性强的特性,用包被链亲和素的磁珠进行磁力吸附完成重复序列目标片段的富集。经过磁珠富集后使克隆测序量大幅下降且使获得具有重复序列的片段的效率大幅度提高,并用荧光引物对其多态性进行验证。磁珠富集法成为 SSR 引物开发极其有效的方法而迅速得到广泛应用。 

    两个杂志可以发表引物开发方面文章,分别是《conservation genetics resources》、《Molecular Ecology Resources》。《Conservation Genetics Resources》专门发表新引物、新方法、软件等;《Molecular Ecology Resources》中引物可以发,但不单独作为1篇论文,而是不同作者的引物集中起来发表。

 

引物开发实验流程:

 

送样要求:

    细胞(≥106)、组织(≥500mg)、血液(≥1ml)、基因组DNA(体积≥20μl,浓度≥ 50ng/μl)等。

   

实验结果:

    1、10对具有多态性可重复的特异性引物;
  2、具体实验流程及所用试剂仪器及详细实验报告;
  3、用6个样本对其对多态性验证的测序原始数据及PDF峰图。

 

 

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