实验室操作培训

SNaPshot法(小测序法)

 

SNaPshot实验原理:

    该技术由美国应用生物公司(ABI)开发,基于荧光标记单碱基延伸原理的分型技术,也称小测序,主要针对中等通量的SNP分型项目。在一个含有测序酶,四种荧光标记的ddNTP,紧挨多态位点5’端的不同长度延伸引物和PCR产物模板的反应体系中,引物延伸一个碱基即终止,经ABI测序仪电泳后,根据峰的颜色可知掺入的碱基种类,从而确定该样本的基因型,根据峰移动的胶位置确定该延伸产物对应的SNP位点。对于PCR产物模板可通过多重PCR反应体系来获得。 通常用于5-30个SNP位点分析。

 

图1 SNaPshot方法检测SNP工作原理

 

 

SNaPshot实验流程:

优点:

    1、通量高,一次反应可扩增最多10-15个位点;

    2、数据完整性高,相对于MassArray高通量分析的时候经常发生个别样本失败或者个别位点丢失的情况,MassArra方法丢失的数据进行补充造价很高,一般不会补,而该方法可以以较低成本补充实验;

    3、适应性强,实验结果可靠,该方法是ABI公司在10多年前开发成功的,历经了很多验证,发表了大量文章。

 

送样要求:
    1、组织样本:-20℃或-80℃低温冰箱中保存,液氮或者干冰运输;市内或短途运输可冰袋运输。若提供的材料为新鲜组织、血液细胞等生物材料,请提供足够提取2ug以上基因DNA的材料量。
    2、DNA样本:体积≥50ul,浓度≥50ng/ul,DNA总量≥2ug,纯度 OD260/280 在1.7~1.9之间,不含PCR抑制剂,须注明准确浓度。样品须低温冰袋运输。
    3、血液样本:要求保存于抗凝管中或冻存管中,体积大于2ml,请用干冰运送,保证DNA不降解。
    4、样品为石蜡包埋组织切片的,要求提供10张组织切片光片(面积>10mm×10mm,厚度约5-10um)。

 

服务说明:

    1、需要提供的材料包括:组织、细胞、血液等样品材料或纯化好的DNA;

    2、需要提供目的SNP位点的rs号或该位点上下游各200bp的序列以及突变的类型;

    3、某些SNP由于上下游序列中含有其他SNP位点或特殊结构,需要重复设计引物和摸索实验,会导致实验周期加长,但是不会增加额外费用。

 

实验结果:

    1、提供实验条件,包括引物序列、试剂名称、仪器型号和操作步骤等;

    2、提供各样本、各SNP位点检出情况和分型;

    3、可以提供部分原始数据图谱。

 

 

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