实验室操作培训

MassArray法

 MassArray实验原理:

    该技术是基于Sequenom质谱仪来实现的。首先通过PCR扩增出含有SNP位点的一段DNA(SNP位点前后各50bp左右),然后用SAP酶去除掉PCR 体系中剩余的脱氧核糖核苷三磷酸(dNTP)和引物,然后加入一单碱基延伸引物,其3’末端碱基紧挨SNP位点,采用四种ddNTP替代dNTP。这样,探针在SNP位点处仅延伸一个碱基,连接上的ddNTP与SNP位点的等位基因对应。用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS) 检测延伸产物与未延伸引物间的分子量差异,确定该点处碱基。

 

MassArray实验流程:

 
方法 SNaPshot MassArray

技术平台

ABI 3730测序仪

Sequenom质谱仪

操作过程

扩增、延伸、上机检测

扩增、延伸、上机检测

检测通量

5-15个SNP/反应

15-28个SNP/反应

检测速度

96个/30分钟

384个/2小时

准确性

成功率

高,缺失数据可以重复实验

中,缺失数据难以补充

适应性

强,适合各种位点和序列

强,适合各种位点和序列

 

 

          表一 SNaPshot与MassArray SNP方法比较

 

 

 

 

送样要求:
    1、组织样本:-20℃或-80℃低温冰箱中保存,液氮或者干冰运输;市内或短途运输可冰袋运输。若提供的材料为新鲜组织、血液细胞等生物材料,请提供足够提取2ug以上基因DNA的材料量。
    2、DNA样本:体积≥50ul,浓度≥50ng/ul,DNA总量≥2ug,纯度 OD260/280 在1.7~1.9之间,不含PCR抑制剂,须注明准确浓度。样品须低温冰袋运输。
    3、血液样本:要求保存于抗凝管中或冻存管中,体积大于2ml,请用干冰运送,保证DNA不降解。
    4、样品为石蜡包埋组织切片的,要求提供10张组织切片光片(面积>10mm×10mm,厚度约5-10um)。

 

服务说明:

    1、需要提供的材料包括:组织、细胞、血液等样品材料或纯化好的DNA;

    2、需要提供目的SNP位点的rs号或该位点上下游各200bp的序列以及突变的类型;

    3、某些SNP的检出率不能达到100%,可能会有个别位点丢失;

    4、我们按照每张Array收费,费用中包括了引物合成费用;

    5、每个Array最多检测包括28个SNP位点,建议25个SNP位点左右;

    6、不是所有的位点都可以进行同时扩增和检测,在项目开始前我们用仪器配套软件分析位点,能够通过的可以在一个反应中进行扩增检测,否则要分开实验。

 

实验结果:

    1、提供实验条件,包括引物和探针序列、试剂名称、仪器型号和操作步骤等;

    2、提供各样本、各SNP位点检出情况和分型;可以提供部分原始数据图谱。

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