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BeadExpress高通量SNP检测

GoldenGate 自定义 SNP 芯片

    实验者可以完全根据研究需要挑选 SNP 位点,制做探针组 (OPA) ,来进行分型研究。它适用于多种研究如各种疾病的连锁分析或关联分析,禽畜的育种分型,其他物种(如微生物,植物等等)的遗传学研究等。每个样品了同时检测 384、768、1536 SNP 位点。每张芯片可同时检测12、16、32个样本。
 
GoldenGate™分型研究技术
Illumina专利的GoldenGate™是以应用为导向的自定义型SNP分型技术。实验者可以完全根据研究需要挑选SNP位点,制做探针组(OPA),来进行分型研究。它适用于多种研究如各种疾病的连锁分析或关联分析;禽畜的育种分型;其他物种(如微生物,植物等等)的遗传学研究等等。科研工作者除可以利于HapMap,dbSNP等数据库挑选SNP位点外,Illumina提供免费的生物信息学分析。用户可向illumina提供以下内容:SNP的rs号,基因名称,序列或要研究的区域的位置Illumina即可帮助实验者挑选SNP位点并进行位点实验成功率评分,评分结果返回用户处后和用户沟通一起来确定要进行研究的SNP位点,以合成OPA,进行基因分型的研究。
 
GoldenGate™检测的基本原理
1.准备gDNA 250ng;
2.将gDNA和固相磁性小珠相连;
3.加入根据SNP位点特殊分析设计的探针组OPA,如SNP是T/C位点,则合成的等位基因特异性探针末端为A/G;通过等位基因特异性延伸和连接酶连接得到一段包含该SNP位点的片断。同时该片断带有一段特殊设计的地址序列;
4.该片断进行PCR扩增,并在反应过程中加入Cy3,Cy5荧光;
5.杂交:和芯片进行杂交,芯片的微珠上连接有地址序列(Address)的互补序列,通过地址序列完成杂交,杂交效率几乎完全一致。SNP位点通过两种荧光颜色读取区分。
 
GoldenGate ™检测的特点
1.高度灵活
  内容高度灵活:完全根据研究需要确定SNP位点制成芯片,每个样品可同时进行384,768, 1536 plex SNP位点的研究。
  芯片形式灵活:客户可根据样本量以及SNP位点数量来确定使用何种格式的芯片Illumina公司的芯片有三种格式,universal-12,universal-16,universal-32,每张芯片进行12,16,32个样本的检测,可针对384,768,1536个SNP位点进行探针的设计。
2.实验成功率高
GoldenGate ™检测芯片采用了特殊的设计,芯片的微珠上仅带有地址序列而没有基因组的对应序列,不同SNP位点的检测差异在OPA探针组的设计上实现,这一专利的设计使芯片杂交在地址序列和其互补序列进行间接杂交完成,和基因组序列无关。所有的地址序列都经过特殊设计,具有近似的杂交温度,退火温度以及CG含量稳定等特点,杂交效率很高。所以,使用微珠芯片进行基因分型实验的成功率也就很高,成功率一般>99%
3.实验重复性高
基于微珠芯片以及GoldenGate ™检测独特的设计:每个SNP位点有30倍的重复,杂交在地址序列间发生等特点,检测重复性>99.7%
4.密度高,信息量大
面积直径为15.75mm×1.8mm的微珠芯片包含有900,000个微珠,其密度高达400/cm2是目前密度最高的芯片,是传统芯片密度的4-400倍,而其研究通量为传统基因分型手段的848倍。
5.低样品量
250ngDNA可检测1536SNP位点的基因型信息。
6.实验过程全程监控-内参微珠
芯片中设计了几百个内参微珠对实验过程进行监控,如:样品污染,延伸特异性等。GenomeStudio基因分型分析软件自动报告实验监控结果。
7.完全均一
微珠芯片采用了微珠和光纤的设计,芯片点(微珠)大小完全均一在3微米,点和点之间间距完全均一在5.7微米。解决了传统芯片点大小,定位难以高度均一的瓶颈问题。
8.芯片生产100%QC质控
微珠芯片生产过程中专利的解码技术,质控能深入到每张芯片上每个微珠每个特性,保证数据的可靠性和重复性。
9. 高性价比:以平均很底的价格完成SNP位点的验证,是目前GWASX项目验证的最佳研究技术,人类单倍体计划(Hapmap)大部分数据使用该技术得出。

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