微卫星标记（Microsatellite）也称为短串联重复序列（STR）或简单重复序列（SSR），是广泛分布在真核生物基因组中的简单重复序列。微卫星中重复单位的数目存在高度变异，这些变异表现为微卫星数目的整倍性变异或重复单位序列中的序列有可能不完全相同，因而造成多个位点的多态性。SSR标记能很好地将这些变异揭示出来，不同的SSR在不同的种甚至不同个体间的多态性。由于基因组中某一特定的微卫星的侧翼序列通常都是保守性较强的单一序列，因而可以将微卫星侧翼的DNA片段克隆、测序，然后根据微卫星的侧翼序列就可以人工合成引物进行PCR扩增，从而将单个微卫星位点扩增出来。由于单个微卫星位点重复单元在数量上的变异，个体的扩增产物在长度上的变化就产生长度的多态性，这一多态性称为简单序列重复长度多态性(SSLP)，每一扩增位点就代表了这一位点的一对等位基因。由于SSR重复数目变化很大，所以SSR标记能揭示比RFLP高得多的多态性。
    微卫星位点通常通过PCR扩增，扩增产物通过电泳分析并根据大小分离等位基因进行检测。PCR扩增后的等位微卫星可以用多种方法检测，传统采用聚丙烯酰胺凝胶电泳加放射显影或银染的方法，费时费力效率低。我们利用ABI遗传分析仪对荧光标记DNA片段进行检测，加上分子量内标进行DNA片段长度计算，使STR分型变得高效快捷，结果也更加精确可靠。基于测序仪平台，我公司同时提供的全套微卫星（STR、SSR）分型服务，包括单倍型分析、遗传连锁分析或构建遗传连锁图谱等。

 

 

 

 

成功案例：

    北京林业大学、鼎国公司、检科院、中科院动物所、长沙农大、中央民族大学、四川农大、中国农业大学、云南大学农学院、中科院昆明植物所、中科院蜜蜂所、中科院动物所、中科院微生物所、农科院蔬菜花卉所、中国农科院环发所、东北林业大学、北京北京协和医院、306医院、北医三院、北大医学部遗传系、北大人民医院、军科院五所、鲁东大学、中科院成都生物所、四川大学生命科学院、西南民族大学、河北农业大学、西双版纳植物园、华中农业大学、深圳仙湖植物园、四川大学、中国疾病预防控制中心、江西九江学院生命科学学院、农科院棉花研究所、福建甘蔗研究所、北京市肿瘤医院、青海大学、北京朝阳医院、哈尔滨医科大学等。

 

微卫星分子标记的研究思路：
1. 开发SSR多态性引物
    针对基因组序列信息未知或不完整的物种，开发出多态性比较好的SSR引物。
    1) 基因组序列已知：根据数据库发布的全基因组序列或EST序列，用SSR-hunter软件扫描得到微卫星序列；
    2) 基因组序列未知：采用磁珠富集的方法，对微卫星序列进行富集、克隆、测序，得到微卫星序列。

2. 大量群体样本进行微卫星分析
    针对已开发出的多态性SSR位点，客户提供遗传差异较大的大量群体样本进行微卫星分析实验，得到每个群体个体的基因型。

3. 根据每个群体个体的基因型进行连锁分析
    1) 制作遗传连锁图谱；
    2) 连锁不平衡分析；
    3) LOH分析。